Sekolah Kasih Karunia dimulai sejak tahun 2012 dengan membuka jenjang SMP berkurikulum muatan lokal pengembangan spiritual dan karakter. Dengan ciri khas demikian, izin operasional Sekolah Kasih Karunia berada di bawah Ditjen Bimas Kristen Departemen Agama RI. Hal yang membedakan dengan sekolah umum adalah adanya tambahan mata pelajaran Teologi Kristen seperti Pendidikan Karakter, Etika Kristen, Sejarah Gereja, dan Pengetahuan Alkitab. Meski demikian, lulusan Sekolah Kasih Karunia tetap dapat melanjutkan ke jenjang berikutnya di sekolah kejuruan atau universitas umum lainnya.
Tahun 2013, Sekolah Kasih Karunia membuka jenjang pendidikan Taman Kanak-Kanak (TK) dan pada tahun berikutnya 2014 dibuka jenjang Sekolah Dasar yang pada waktu itu dibuka untuk menampung siswa yang telah lulus dari pendididikan TK.
Tahun 2015, Sekolah Kasih Karunia kemudian membuka jenjang SMA, sehingga jenjang pendidikan yang dimiliki semakin lengkap, mulai dari TK hingga SMA. Melalui sekolah ini, para siswa akan dididik sejak dini bukan sekadar menjadi pintar tetapi mereka memiliki karakter Kristus dan sekolah dipakai Tuhan untuk mempersiapkan pemimpin masa depan yang berintegritas.
Sejak pertama kali dibuka, sekolah terus mengembangkan fasilitas yang ada secara bertahap sesuai dengan kebutuhan siswa. Saat ini semua fasilitas telah tersedia lengkap untuk menunjang kegiatan belajar mengajar yang meliputi ruang perpustakaan, aula/chapel dengan peralatan musik, laboratorium (komputer, biologi, fisika), dan lapangan olahraga (basket, voli, sepak bola).
